Aquaponie je založena na hydroponické části a na rybí části. To znamená, že z hydroponické farmy lze jednoduše udělat aquaponickou, a to pouhým přidáním ryb. 

Aquaponická farma musí udržovat velmi citlivý koloběh živin. Zjednodušeně řečeno, musíte mít správný poměr ryb k pěstovaným rostlinám (nebo naopak). Funguje to tak, že odpadní látky, které ryby vylučují, jsou pro ně toxické, nicméně pro rostliny jsou životadárným hnojivem. Pokud tedy máte v aquaponickém systému málo rostlin (nebo hodně ryb), může se lehce stát, že ryby uhynou následkem otravy způsobené pro ně toxickými látkami. Pokud máte problém opačný, tedy že máte hodně rostlin (nebo málo ryb), začnou Vám rostliny chřadnout, jejich růst přestane být efektivní a objeví se patologie.

Hydroponické průmyslové skleníky dnes vypadají velmi jednoduše. Obrovský skleník, pěstební média (většinou z kokosových vláken), kapénková závlaha a u skleníku malá budova, ve které je sklad chemikálií a míchačka hnojiv. Podle přesně definovaných parametrů se namíchá hnojivo, u kterého si můžete vybrat, jestli chcete, aby rostliny rostly rychleji, měly větší plody nebo byly chutnější. Dle potřeby se ještě dají přimíchat potřebné fytohormony, aby se urychlil růst kořenového systému nebo dozrávání plodů. Tuto směs potom kontinuálně proháníte kořenovým systémem rostlin a ty si z něj berou potřebné látky. V hydroponii je také snazší rostliny přehnojit. 

V aquaponii vzniká hnojivo jinak. Vstupním parametrem je krmivo pro ryby. To prochází prvním bakteriálním rozkladem ve střevech ryb, poté druhým dvoufázovým bakteriálním rozkladem v záchytných filtrech, a až poté se z něj stane hnojivo pro rostliny. Tento roztok vzniká přirozeně, stejně jako v přírodních ekosystémech a jedná se o univerzální roztok, kterým navíc rostliny nemohou být přehnojeny. Pokud chemický rozklad složitějších organických prvků na jednoduché probíhá správně, v roztoku nejsou žádné látky toxické pro rostliny ani pro ryby. Je to podobné jako v přírodě. Živočichové vždy poskytovali hnojivo rostlinám a rostliny zase potravu živočichům. ato rovnováha je velice citlivá na jakékoli vnější zásahy. Při jejím narušení přestává aquaponie fungovat a začínají se projevovat problémy s růstem rostlin nebo ryb.

Rozdíly jsou tedy následující. Aquaponie je složitější a vyžaduje znalosti o chovu ryb, pěstování rostlin a chemických procesech rozkladu organických látek. Na druhou stranu produkty jsou přírodního původu, nezatěžuje se životní prostředí odpadem, spotřebuje se méně vody, má dvojí produkci (ryby), nedají se používat chemikálie.  Hydroponie je jednoduchá na provoz.

Všechny metody pěstování potravin se dají dělat komerčně bez ohledu na kvalitu potravin nebo na životní prostředí, nebo se dají dělat s láskou a respektem k přírodě. 

Plné znění článku u FUTURE Farming